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李亦学研究组合作绘制肝癌药物基因组学的“蓝图”

作者:yzc88亚洲城 2019-08-02 来源:yzc88亚洲城手机版官网
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  201981国际著名学术期刊Cancer Cell在线发表了中科院生物化学与细胞生物学研究所惠利健研究组、中国科学院上海营养与健康研究所李亦学研究组、第二军医大学附属东方肝胆外科医院张海斌研究组以及南京大学医学院附属鼓楼医院施晓雷合作的题为“A Pharmacogenomic Landscape in Human Liver Cancers”的研究论文。该工作报道了目前最大的肝癌细胞模型平台和最详细的肝癌细胞药物基因组学。通过整合大规模测序和高通量药物筛选数据,研究人员建立了肝癌中基因组变异与药物响应的相关性,发现了新的治疗靶点和分子标志物(图1)。

  近五年,李亦学研究组针对肿瘤药物基因组学中遇到的小样本大数据等挑战,开发鉴定药敏标志物和预测药效的算法,并将其应用于肿瘤细胞系和小鼠移植模型。在这项最新的研究进展中,惠利健研究团队将肝癌细胞系体外建立的效率提高到50%,构建了全世界最大规模的肝癌细胞系平台(包括50株新建立的中国病人来源的肝癌细胞系和31株发表的肝癌细胞系),并测试了90种药物在81株细胞系中的响应情况。李亦学团队负责生物信息数据分析,构建了81株细胞系的突变图谱和表达图谱,并通过整合细胞系药物响应、基因组、转录组数据,发现了新的潜在的治疗策略和分子标志物。进一步的实验验证了部分侯选标志物对药效的影响,如:CTNNB1激活突变与抑制HDAC联合致死,DKK1高表达与Sorafenib的敏感性等。

  中科院生物化学与细胞生物学研究所邱志欣博士、博士研究生章正涛和中国科学院上海营养与健康研究所李虹副研究员为研究论文的共同第一作者,中科院生物化学与细胞生物学研究所惠利健、中国科学院上海营养与健康研究所李亦学、第二军医大学附属东方肝胆外科医院张海斌和南京大学医学院附属鼓楼医院施晓雷为共同通讯作者。该工作获中科院、基金委、科技部等资助。

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图1:肝癌细胞系平台的建立与药物基因组学分析

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